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設定する順序について
 
特急や快速を設定する場合、停車駅に関係なく一番速い列車(同じ距離で最も所要時間が短い列車)から設定します。
特急と普通を走らせる場合、特急列車を優先したダイヤ設定をするからです。
特急や快速を十分に設定したなら、最終的に各駅停車を設定する事になりますが、各駅停車のなかでも出来るだけ長距離列車(直通列車)から設定することをお勧めします。
つまり区間運転の普通列車は一番最後に設定することになります。